# Tutorial 8 - Three-way branch migration first passage times¶

Multistrand's "First Passage Time" mode can be used to get statistics on how long it takes to reach a certain state, or one of a set of defined states. Here we compare two sequences for toehold-mediated three-way strand displacement. Starting in with the incoming strand binding by the toehold only, we run simulations until either the incoming strand falls off again (a "failure") or the incumbent top strand is displaced and dissociates (a "success"). This is specified via Dissoc_Macrostate StopConditions that look for the incoming strand being in a complex by itself, or the incumbent strand being in a complex by itself, respectively. We perform only 100 trials for each sequence, because that already takes around 10 minutes (most of which is design A). Once that's done, for each sequence we have 100 trial results, each tagged with either "failure" or "success". We can look at histograms of how long such trajectories took, or alternatively tabulate what fraction of trajectories completed by a certain time.

In :
from multistrand.objects import *
from multistrand.options import Options
from multistrand.system import SimSystem

import numpy as np
import matplotlib
import matplotlib.pylab as plt

In :
# Multistrand uses numerical arguments to specific the type of macrostate being defined,
# for StopCondition and Macrostate definitions:
Exact_Macrostate = 0   # match a secondary structure exactly (i.e. any system state that has a complex with this exact structure)
Bound_Macrostate = 1   # match any system state in which the given strand is bound to another strand
Dissoc_Macrostate = 2  # match any system state in which there exists a complex with exactly the given strands, in that order
Loose_Macrostate = 3   # match a secondary structure with "don't care"s, allowing a certain number of disagreements
Count_Macrostate = 4   # match a secondary structure, allowing a certain number of disagreements


We will do Multistrand simulations on two sequences, Design A and Design B. These are taken from Schaeffer's PhD thesis, figure 7.4.
Design A has a hairpin and is slow / fails often, whereas Design B is fast. (In Schaeffer's figure 7.4, Design A has the same sequence, but Design B is "ACCGCACCACGTGGGTGTCG".)

In :
def setup_threewaybm_comparison(trials=100, toehold_seq = "GTGGGT", bm_design_A = "ACCGCACGTCCACGGTGTCG", bm_design_B = "ACCGCACGTCACTCACCTCG"):

toehold = Domain(name="toehold",sequence=toehold_seq,length=len(toehold_seq))
branch_migration_A = Domain(name="bm_A", sequence=bm_design_A, seq_length=len(bm_design_A))
branch_migration_B = Domain(name="bm_B", sequence=bm_design_B, seq_length=len(bm_design_B))

substrate_A = toehold + branch_migration_A
substrate_B = toehold + branch_migration_B
incumbent_A = Strand(name="incumbent",domains=[branch_migration_A.C])
incumbent_B = Strand(name="incumbent",domains=[branch_migration_B.C])

incoming_A = substrate_A.C
incoming_B = substrate_B.C

start_complex_A = Complex(strands=[incoming_A, substrate_A, incumbent_A], structure=".(+)(+)")
start_complex_B = Complex(strands=[incoming_B, substrate_B, incumbent_B], structure=".(+)(+)")

complete_complex_A = Complex(strands=[incumbent_A],structure=".")
complete_complex_B = Complex(strands=[incumbent_B],structure=".")

failed_complex_A = Complex(strands=[incoming_A],structure="..")
failed_complex_B = Complex(strands=[incoming_B],structure="..")

# the "success" state
complete_sc_A = StopCondition("complete",[(complete_complex_A,Dissoc_Macrostate,0)])
complete_sc_B = StopCondition("complete",[(complete_complex_B,Dissoc_Macrostate,0)])

# the "failure" state
failed_sc_A = StopCondition("failed",[(failed_complex_A,Dissoc_Macrostate,0)])
failed_sc_B = StopCondition("failed",[(failed_complex_B,Dissoc_Macrostate,0)])

o1 = Options(simulation_mode="First Passage Time", parameter_type="Nupack",
substrate_type="DNA", num_simulations = trials, simulation_time=1.0,
dangles = "Some", temperature = 310.15, join_concentration=1e-6, # 1 uM concentration
start_state=[start_complex_A], rate_scaling='Calibrated')
o1.stop_conditions = [complete_sc_A,failed_sc_A]

o2 = Options(simulation_mode="First Passage Time", parameter_type="Nupack",
substrate_type="DNA", num_simulations = trials, simulation_time=1.0,
dangles = "Some", temperature = 310.15, join_concentration=1e-6, # 1 uM concentration
start_state=[start_complex_B], rate_scaling='Calibrated')
o2.stop_conditions = [complete_sc_B,failed_sc_B]

return o1,o2


Once the simulations has run, we will want to show histograms of how long they took.

In :
def plot_histograms_complete_vs_failed( result_list, colors=['b','m'], figure=1 ):
# separate based on which stop condition ended the simulation   ((( what if simulation ran out of time? )))
times_complete = np.array([i.time for i in result_list if i.tag == 'complete'])
times_failed = np.array([i.time for i in result_list if i.tag == 'failed'])
neither = [i for i in result_list if not i.tag == 'complete' and not i.tag == 'failed']
if len(neither)>0 :
print "some trajectories did not finish, one way nor the other..."
for i in neither :
assert (i.type_name=='Time')
assert (i.tag == None )

if len(times_complete)>0 and len(times_failed)>0 :
min_time = np.min( [np.min(times_complete),np.min(times_failed)] )
max_time = np.max( [np.max(times_complete),np.max(times_failed)] )
else:
if len(times_complete)>0 :
min_time = np.min(times_complete)
max_time = np.max(times_complete)
if len(times_failed)>0 :
min_time = np.min(times_failed)
max_time = np.max(times_failed)

plt.figure( figure )
plt.hold(False)

if len(times_complete)>0 :
plt.hist( times_complete, 50, range=(min_time,max_time), color=colors, label="complete" )
plt.hold(True)

if len(times_failed)>0 :
plt.hist( times_failed, 50, range=(min_time,max_time), color=colors,rwidth=.5, label="failed")

plt.title("Completion times for successful and failed trajectories, Design A")
plt.xlabel("First Passage Time (s)",fontsize='larger')
plt.ylabel("# of Trajectories",fontsize='larger')
plt.yticks(fontsize='larger',va='bottom')
plt.xticks(fontsize='larger')
plt.legend(loc=0)
plt.show()

In :
def plot_histograms_two_designs( result_lists, colors=['magenta','b'], figure=1 ):
times = []
times.append(np.array([i.time for i in result_lists if i.tag == 'complete']))
times.append(np.array([i.time for i in result_lists if i.tag == 'complete']))

min_time = np.min( [np.min(times),np.min(times)] )
max_time = np.max( [np.max(times),np.max(times)] )
# the above might fail if any list is empty; min, max of empty is undefined

plt.figure( figure )
plt.hold(False)
plt.hist( times, 50, range=(min_time,max_time), color=colors, label="Design B")
plt.hold(True)
plt.hist( times, 50, range=(min_time,max_time), color=colors, label="Design A", rwidth=.5 )

plt.title("Successful trajectories in two designs")
plt.xlabel("First Passage Time (s)",fontsize='larger')
plt.ylabel("# of Trajectories",fontsize='larger')
plt.yticks(fontsize='larger',va='bottom')
plt.xticks(fontsize='larger')
plt.legend(loc=0)
plt.show()

In :
def plot_completion_graph( result_lists, colors=['b','r'], figure=1, labels=['Design A', 'Design B'] ):
times = []
percents = []
for rl in result_lists:
n = len(rl)
t = [i.time for i in rl if i.tag == 'complete']
t.sort()
times.append(np.array(t))

p = np.array(range(1,len(t)+1))
p = 100 * p / n  # percentage of all trials, including ones that don't complete
percents.append( p )

plt.figure( figure )
plt.hold(False)

for t,p,c,label in zip(times,percents,colors,labels):
plt.plot( t, p, color = c, linewidth=2.0, label=label )
plt.hold(True)

plt.xlabel("Simulation Time (s)",fontsize='larger')
plt.ylabel("% of Trajectories Complete",fontsize='larger')
plt.yticks([0,20,40,60,80,100],("0%","20%","40%","60%","80%","100%"),fontsize='larger',va='bottom')
plt.xticks(fontsize='larger')
plt.title( "Percentage of Total Trajectories Complete by a Given Time" )
plt.legend(loc=0)
plt.show()

In :
def plot_completion_graph_complete_vs_failed( result_list, colors=['b','m'], figure=1, labels=['complete','failed'] ):
n = len(result_list) # number of trials
times = []
percents = []
for rl in ['complete','failed']:
t = [i.time for i in result_list if i.tag == rl]
t.sort()
times.append(np.array(t))
p = np.array(range(1,len(t)+1))
p = 100 * p / n
percents.append( p )
# the last data points of each type should sum to 1.0 if all trajectories either fail or complete (rather than time out)

plt.figure( figure )
plt.hold(False)

for t,p,c,label in zip(times,percents,colors,labels):
plt.plot( t, p, color = c, linewidth=2.0, label=label )
plt.hold(True)

plt.xlabel("Simulation Time (s)",fontsize='larger')
plt.ylabel("% of Trajectories Complete",fontsize='larger')
plt.yticks([0,20,40,60,80,100],("0%","20%","40%","60%","80%","100%"),fontsize='larger',va='bottom')
plt.xticks(fontsize='larger')
plt.title( "Percentage of Total Trajectories Complete by a Given Time, Design A" )
plt.legend(loc=0)
plt.show()


Now we are ready to run the simulations. First we set up the molecules and options. You might want to try different numbers of trials, or run it with different sequences.

In :
# The following two options are equivalent, since they are defaults
# o1,o2 = setup_threewaybm_comparison()
o1,o2 = setup_threewaybm_comparison(trials=100, toehold_seq = "GTGGGT", bm_design_A = "ACCGCACGTCCACGGTGTCG", bm_design_B = "ACCGCACGTCACTCACCTCG")

# The same, but a longer toehold:
# o1,o2 = setup_threewaybm_comparison(trials=100, toehold_seq = "GTGGGTAGGT", bm_design_A = "ACCGCACGTCCACGGTGTCG", bm_design_B = "ACCGCACGTCACTCACCTCG")


Actually do the simulation. On my laptop, they take about 10 minutes for 100 trials. You might want to just do 10, for speed -- but the histograms below will look much better if you run 100 or more!

Note that there is no need to update the energy model in between runs, because conditions are the same. Each simulation trial prints the complexes present when it stops including its energy, each preceeded by that simulation's random number seed.

In :
print
print "Running Design A"
s=SimSystem(o1)
s.start()
print
print "Running Design B"
s=SimSystem(o2)
s.start()

Running Design A
6604224628510739414:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

6604224628510739414:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1703676841:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1703676841:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

100207477:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

100207477:  '6:Automatic_12*': -1.16
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.......((((((.....))..))))

1300460798:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1300460798:  '6:Automatic_12*': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....(((((....))))).......

1921764337:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1921764337:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

646007698:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

646007698:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

317465885:  '14:incumbent': -1.92
CGACACCGTGGACGTGCGGT
.....(((........))).

317465885:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

579133852:  '14:incumbent': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGT
.....(((((....))))).

579133852:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

2011192973:  '14:incumbent': -0.28
CGACACCGTGGACGTGCGGT
...(((.......)))....

2011192973:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1849152600:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1849152600:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1250869512:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

1250869512:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1939215445:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1939215445:  '6:Automatic_12*': 0.8
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
..(..((((......)))))......

589042999:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

589042999:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1517655462:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1517655462:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

566557742:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -20.395213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......(((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))

566557742:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1816938696:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

1816938696:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

397395160:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

397395160:  '6:Automatic_12*': -2.9
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((........))))......

1945134143:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

1945134143:  '6:Automatic_12*': -1.92
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....(((........))).......

452052276:  '14:incumbent': 1.38
CGACACCGTGGACGTGCGGT
..((...))..((.....))

452052276:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1537260995:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

1537260995:  '6:Automatic_12*': -2.41
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....((((......)))).......

1694886059:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1694886059:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1078272123:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1078272123:  '6:Automatic_12*': 2.17
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
((....)).....(((...)))....

1086126865:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1086126865:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

243081636:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

243081636:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

49972049:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -20.395213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......(((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))

49972049:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

517598746:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

517598746:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1650440717:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1650440717:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1932474339:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

1932474339:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

585069599:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

585069599:  '6:Automatic_12*': -2.9
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((........))))......

1503746406:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

1503746406:  '6:Automatic_12*': -0.5
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.(..(((((......)))))...)..

1330835290:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -17.825213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......((((((((((((((((...+...)))))))))))))))).

1330835290:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

792985827:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

792985827:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1755277292:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

1755277292:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1401272251:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

1401272251:  '6:Automatic_12*': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....(((((....))))).......

1225201953:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1225201953:  '6:Automatic_12*': -1.67
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.(..((((((....)))))).)....

432674135:  '14:incumbent': -2.91
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....(((((......)))))

432674135:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -26.545213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

34651511:  '14:incumbent': -2.91
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....(((((......)))))

34651511:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
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127525177:  '14:incumbent': -2.91
CGACACCGTGGACGTGCGGT
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127525177:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -26.545213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

1743918023:  '14:incumbent': -2.41
CGACACCGTGGACGTGCGGT
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1743918023:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1461588800:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1461588800:  '6:Automatic_12*': 0.8
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
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951600502:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

951600502:  '6:Automatic_12*': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
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1561590077:  '14:incumbent': 1.99
CGACACCGTGGACGTGCGGT
...(.....)..(.....).

1561590077:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -25.975213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((..+..))))))))))))))))))))))..

1088734281:  '14:incumbent': -2.89
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....((((((....))))))

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CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1284210019:  '14:incumbent': -2.89
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....((((((....))))))

1284210019:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

751360865:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

751360865:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

428065467:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

428065467:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

908868015:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

908868015:  '6:Automatic_12*': 0.54
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.........((..........))...

234392080:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

234392080:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
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1078337795:  '14:incumbent': -2.41
CGACACCGTGGACGTGCGGT
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1078337795:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -24.655213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
....((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))....

1317715975:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1317715975:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1076957156:  '14:incumbent': -2.91
CGACACCGTGGACGTGCGGT
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1076957156:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -26.075213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))).

322084270:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

322084270:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1695574596:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1695574596:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

324074100:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

324074100:  '6:Automatic_12*': -2.9
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((........))))......

551939943:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

551939943:  '6:Automatic_12*': -2.9
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((........))))......

1426420060:  '14:incumbent': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGT
.....(((((....))))).

1426420060:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -26.545213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

509003315:  '14:incumbent': -2.91
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....(((((......)))))

509003315:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

2051029996:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -20.395213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
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2051029996:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
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290195647:  '14:incumbent': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGT
.....(((((....))))).

290195647:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1245806206:  '14:incumbent': -2.91
CGACACCGTGGACGTGCGGT
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1245806206:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1521638287:  '14:incumbent': -2.41
CGACACCGTGGACGTGCGGT
.....((((......)))).

1521638287:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

176578821:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

176578821:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1629703447:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1629703447:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1936991502:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1936991502:  '6:Automatic_12*': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....(((((....))))).......

1851141978:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1851141978:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

715855049:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

715855049:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

339746679:  '14:incumbent': -2.89
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....((((((....))))))

339746679:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1447254580:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1447254580:  '6:Automatic_12*': -1.92
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....(((........))).......

218874352:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

218874352:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1437549229:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1437549229:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

538700323:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

538700323:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

980747773:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

980747773:  '6:Automatic_12*': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....(((((....))))).......

1220919013:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -19.505213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((..+..))))))))))))))))))

1220919013:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

491074223:  '14:incumbent': -2.89
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....((((((....))))))

491074223:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

256168903:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

256168903:  '6:Automatic_12*': 3.02
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....(.(....))............

1351504537:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1351504537:  '6:Automatic_12*': -2.9
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((........))))......

578962909:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

578962909:  '6:Automatic_12*': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....(((((....))))).......

499999699:  '14:incumbent': -2.42
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....((((........))))

499999699:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1839462860:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

1839462860:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

693936086:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

693936086:  '6:Automatic_12*': -1.69
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.(..(((((......))))).)....

946618205:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

946618205:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

17312865:  '14:incumbent': -2.91
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....(((((......)))))

17312865:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

543609672:  '14:incumbent': -2.41
CGACACCGTGGACGTGCGGT
.....((((......)))).

543609672:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

602524189:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

602524189:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1845717590:  '14:incumbent': -2.91
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....(((((......)))))

1845717590:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1226319464:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1226319464:  '6:Automatic_12*': -2.41
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....((((......)))).......

795853589:  '14:incumbent': -2.89
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....((((((....))))))

795853589:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

595977454:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

595977454:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1029342980:  '14:incumbent': -2.42
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....((((........))))

1029342980:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1050871073:  '14:incumbent': -2.89
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....((((((....))))))

1050871073:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -27.435213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

530568369:  '14:incumbent': -2.91
CGACACCGTGGACGTGCGGT
....(((((......)))))

530568369:  '6:Automatic_12*,12:Automatic_12': -28.325213819
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

894194274:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

894194274:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

243414330:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -21.425213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
.......(((((((((((((((((((+))))))))))))))))))).

243414330:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

961724006:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

961724006:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1174277070:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1174277070:  '6:Automatic_12*': -2.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
.....(((((....))))).......

735503385:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

735503385:  '6:Automatic_12*': -3.37
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((((....))))))......

1207741803:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1207741803:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1418025509:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1418025509:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
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1178591573:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1178591573:  '6:Automatic_12*': -3.39
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....(((((......)))))......

1077731645:  '12:Automatic_12,14:incumbent': -22.215213819
GTGGGTACCGCACGTCCACGGTGTCG+CGACACCGTGGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1077731645:  '6:Automatic_12*': -2.9
CGACACCGTGGACGTGCGGTACCCAC
....((((........))))......

Running Design B
-4621967137565713499:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

-4621967137565713499:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -19.695213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((.(((((((((((((..+..))))))))))))).)))))))...

388830634:  '15:incumbent': 0.89
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....((.....)).......

388830634:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

310607269:  '15:incumbent': 1.99
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.(.......).).....

310607269:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1903955352:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

1903955352:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -22.835213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
....((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))....

550162319:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

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CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

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CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

656524252:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

831440664:  '15:incumbent': 1.1
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(....)..

831440664:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1364734972:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

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CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1079349712:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

1079349712:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

812960041:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

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...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

1929238377:  '15:incumbent': 0.89
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....((.....)).......

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.(((((((((((((((((((((((..+..))))))))))))))))))))))).

1174170184:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

1174170184:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1232192394:  '15:incumbent': 1.22
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
.......(.((.....)).)

1232192394:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

2036680884:  '15:incumbent': 1.99
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.(.......).).....

2036680884:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1312301610:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1312301610:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -24.385213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((..+..))))))))))))))))))))))..

433859118:  '15:incumbent': 2.73
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....(.......).......

433859118:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

502191336:  '15:incumbent': 1.68
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
......(.....).......

502191336:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

8051621:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

8051621:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1274141817:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1274141817:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

797148701:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

797148701:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1351792591:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1351792591:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

616745900:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

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CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

2009355622:  '15:incumbent': 1.1
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(....)..

2009355622:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1384412553:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1384412553:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -24.905213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

161822546:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

161822546:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1996505209:  '15:incumbent': 1.09
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(.....).

1996505209:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1444056789:  '15:incumbent': 1.1
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(....)..

1444056789:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

44035297:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

44035297:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1107154586:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1107154586:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1620170972:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1620170972:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.275213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((..+..))))))))))))))))))))))).

1503780799:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1503780799:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1522727870:  '15:incumbent': 3.63
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(......)..(....)..

1522727870:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -23.445213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((..+..)))))))))))))))))))))...

742727299:  '13:Automatic_13,15:incumbent': -20.625213819
GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG+CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

742727299:  '7:Automatic_13*': 1.45
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC
((..((.....))...))........

1041740653:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

1041740653:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

404904914:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

404904914:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1924011278:  '15:incumbent': 1.09
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(.....).

1924011278:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -24.905213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

1181974547:  '15:incumbent': 1.09
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(.....).

1181974547:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

2145366691:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

2145366691:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

766270485:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

766270485:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

921410960:  '15:incumbent': 1.99
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.(.......).).....

921410960:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.275213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((..+..))))))))))))))))))))))).

712711488:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

712711488:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -23.445213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((..+..)))))))))))))))))))))...

2107116500:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

2107116500:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

2031133742:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

2031133742:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -24.905213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

366325459:  '15:incumbent': 1.22
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
.......(.((.....)).)

366325459:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

469499357:  '15:incumbent': 2.73
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........(.......)

469499357:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1161848385:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1161848385:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

789786259:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

789786259:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

794179123:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

794179123:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1130250897:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

1130250897:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1090866970:  '15:incumbent': 1.09
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(.....).

1090866970:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1543842306:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1543842306:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

135878279:  '13:Automatic_13,15:incumbent': -20.625213819
GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG+CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

135878279:  '7:Automatic_13*': 0.35
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC
...((..(.((.....)).)..))..

183153459:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

183153459:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.275213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((..+..))))))))))))))))))))))).

357172939:  '15:incumbent': 1.09
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(.....).

357172939:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1123300:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

1123300:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -24.905213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

1625367343:  '15:incumbent': 2.48
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
(.....).....(....)..

1625367343:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1953642256:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1953642256:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1205454187:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1205454187:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

442541274:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

442541274:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -24.905213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

1579483543:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1579483543:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -24.485213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))).

205951714:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

205951714:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

24510184:  '15:incumbent': 1.62
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
........((.....))...

24510184:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

810168037:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

810168037:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -23.155213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.((((((.((((((((((((((((((+)))))))))))))))))).)))))).

1104871124:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1104871124:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

269954864:  '15:incumbent': 1.09
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(.....).

269954864:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

2047683604:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

2047683604:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1641170672:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1641170672:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -24.905213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

311887117:  '15:incumbent': 2.49
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
.......(.(.......).)

311887117:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -21.555213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..(((((((((((((((((((((.((+)).)))))))))))))))))))))..

2008276168:  '15:incumbent': 2.95
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
.(..........).......

2008276168:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1692747787:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1692747787:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1875471352:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1875471352:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

590133089:  '15:incumbent': 1.62
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
........((.....))...

590133089:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -24.905213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))...

603278334:  '15:incumbent': 1.22
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
.......(.((.....)).)

603278334:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1944751909:  '13:Automatic_13,15:incumbent': -20.625213819
GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG+CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
......((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))

1944751909:  '7:Automatic_13*': -0.07
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC
...(((..............)))...

1362699087:  '15:incumbent': 1.09
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(.....).

1362699087:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

486244723:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

486244723:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1567934247:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1567934247:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

234026863:  '15:incumbent': 3.42
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(......).((.....))

234026863:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

495148915:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

495148915:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1163455431:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1163455431:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

163029701:  '15:incumbent': 2.53
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
.......(......).....

163029701:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

731810015:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

731810015:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

494916153:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

494916153:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1437536349:  '15:incumbent': 0.89
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....((.....)).......

1437536349:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1214650420:  '15:incumbent': 1.22
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
.......(.((.....)).)

1214650420:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -21.885213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
...(((((((((((((((((.(((((+))))).)))))))))))))))))...

1355466057:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1355466057:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.275213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((..+..))))))))))))))))))))))).

180019418:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

180019418:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1712880915:  '15:incumbent': 0.78
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
((..........))......

1712880915:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

2124199206:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

2124199206:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

2103406152:  '15:incumbent': 1.1
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(....)..

2103406152:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1164703847:  '15:incumbent': 0.39
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...........((.....))

1164703847:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

1879677723:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

1879677723:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1706137248:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1706137248:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

520508907:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

520508907:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

159237719:  '15:incumbent': 0.15
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(.((.....)).).....

159237719:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

493539578:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

493539578:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -26.735213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
.(((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))).

2105409990:  '15:incumbent': 2.91
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
...(............)...

2105409990:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

220939564:  '15:incumbent': 3.63
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
..(......)..(....)..

220939564:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

890723705:  '15:incumbent': 1.1
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
............(....)..

890723705:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..

1901457778:  '15:incumbent': 0.0
CGAGGTGAGTGACGTGCGGT
....................

1901457778:  '7:Automatic_13*,13:Automatic_13': -25.845213819
CGAGGTGAGTGACGTGCGGTACCCAC+GTGGGTACCGCACGTCACTCACCTCG
..((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))..



All the above information is collected into the options objects o1.interface.results and o2.interface.results. Before plotting histograms, let's look to see what kind of data is there. (This next line ought to be skipped if you have run a lot of trials!)

In :
o1.interface.results

Out:
[(6604224628510739414, 17, 0.000160850907002, 'failed', result_type='status_line' ),
(1703676841, 17, 1.92616617991e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(100207477, 17, 0.000438326438761, 'failed', result_type='status_line' ),
(1300460798, 17, 5.20798335101e-06, 'failed', result_type='status_line' ),
(1921764337, 17, 0.000166737704277, 'failed', result_type='status_line' ),
(646007698, 17, 0.0003015798823, 'failed', result_type='status_line' ),
(317465885, 17, 0.000430318067512, 'complete', result_type='status_line' ),
(579133852, 17, 0.000256050939695, 'complete', result_type='status_line' ),
(2011192973, 17, 9.18674917838e-05, 'complete', result_type='status_line' ),
(1849152600, 17, 6.78136842285e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(1250869512, 17, 0.00020638477375, 'failed', result_type='status_line' ),
(1939215445, 17, 0.000165824527522, 'failed', result_type='status_line' ),
(589042999, 17, 6.82324918475e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(1517655462, 17, 2.78538992281e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(566557742, 17, 3.05584722781e-06, 'failed', result_type='status_line' ),
(1816938696, 17, 0.000146990452142, 'failed', result_type='status_line' ),
(397395160, 17, 0.000213042960395, 'failed', result_type='status_line' ),
(1945134143, 17, 7.00135599426e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(452052276, 17, 0.000114969373847, 'complete', result_type='status_line' ),
(1537260995, 17, 0.000201341525905, 'failed', result_type='status_line' ),
(1694886059, 17, 0.000172733311474, 'failed', result_type='status_line' ),
(1078272123, 17, 1.56860465738e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(1086126865, 17, 0.000510113399445, 'failed', result_type='status_line' ),
(243081636, 17, 0.000397185954214, 'failed', result_type='status_line' ),
(49972049, 17, 2.75249971821e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(517598746, 17, 2.73914882892e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(1650440717, 17, 0.000135282755189, 'failed', result_type='status_line' ),
(1932474339, 17, 0.000178961008611, 'failed', result_type='status_line' ),
(585069599, 17, 0.000474361074969, 'failed', result_type='status_line' ),
(1503746406, 17, 3.06940968573e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(1330835290, 17, 4.79413318971e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(792985827, 17, 0.000421007276626, 'failed', result_type='status_line' ),
(1755277292, 17, 0.000166055552684, 'failed', result_type='status_line' ),
(1401272251, 17, 0.000209161689892, 'failed', result_type='status_line' ),
(1225201953, 17, 0.000747884594026, 'failed', result_type='status_line' ),
(432674135, 17, 8.64119706116e-05, 'complete', result_type='status_line' ),
(34651511, 17, 0.000194779942776, 'complete', result_type='status_line' ),
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(1743918023, 17, 0.00018240972785, 'complete', result_type='status_line' ),
(1461588800, 17, 0.000220566782656, 'failed', result_type='status_line' ),
(951600502, 17, 4.33094577526e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(1561590077, 17, 0.00083952087714, 'complete', result_type='status_line' ),
(1088734281, 17, 0.000250165393835, 'complete', result_type='status_line' ),
(1284210019, 17, 6.97267689308e-05, 'complete', result_type='status_line' ),
(751360865, 17, 4.80570605946e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(428065467, 17, 0.000226425204615, 'failed', result_type='status_line' ),
(908868015, 17, 0.000624397968967, 'failed', result_type='status_line' ),
(234392080, 17, 0.000873488293411, 'failed', result_type='status_line' ),
(1078337795, 17, 0.000288122048538, 'complete', result_type='status_line' ),
(1317715975, 17, 0.000668938083529, 'failed', result_type='status_line' ),
(1076957156, 17, 2.48699759255e-05, 'complete', result_type='status_line' ),
(322084270, 17, 0.000578321783068, 'failed', result_type='status_line' ),
(1695574596, 17, 0.000302988602723, 'failed', result_type='status_line' ),
(324074100, 17, 6.68187266992e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(551939943, 17, 1.58295664519e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(1426420060, 17, 0.000358403199973, 'complete', result_type='status_line' ),
(509003315, 17, 0.000105486765238, 'complete', result_type='status_line' ),
(2051029996, 17, 4.27789785267e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(290195647, 17, 1.27176183828e-05, 'complete', result_type='status_line' ),
(1245806206, 17, 2.62717989447e-05, 'complete', result_type='status_line' ),
(1521638287, 17, 0.000617322267522, 'complete', result_type='status_line' ),
(176578821, 17, 3.6804871469e-05, 'failed', result_type='status_line' ),
(1629703447, 17, 0.000880491924702, 'failed', result_type='status_line' ),
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(1851141978, 17, 0.000264923180967, 'failed', result_type='status_line' ),
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(946618205, 17, 0.00050052103671, 'failed', result_type='status_line' ),
(17312865, 17, 2.57597415195e-06, 'complete', result_type='status_line' ),
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(1050871073, 17, 0.00087990446645, 'complete', result_type='status_line' ),
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(1174277070, 17, 0.00025262304778, 'failed', result_type='status_line' ),
(735503385, 17, 0.000881130481737, 'failed', result_type='status_line' ),
(1207741803, 17, 0.00039340586419, 'failed', result_type='status_line' ),
(1418025509, 17, 0.000179524094768, 'failed', result_type='status_line' ),
(1178591573, 17, 0.000198536077016, 'failed', result_type='status_line' ),
(1077731645, 17, 2.11169834848e-05, 'failed', result_type='status_line' )]

That information is printed in a more understandable format, if you ask via print.

In :
result_list1 = o1.interface.results
result_list2 = o2.interface.results
# look at a few things by hand, just to check
print result_list1

Trajectory Seed 
Result: Normal
Completion Time: 0.000160850907002
Completion Tag: failed


The easiest thing to do is to separate results based on whether strand displacement occurred, or not.

In :
times_complete1 = np.array([i.time for i in result_list1 if i.tag == 'complete'])
times_failed1 = np.array([i.time for i in result_list1 if i.tag == 'failed'])
print "Design A: %d trajectories total, %d completed, %d failed." % (len(result_list1), len(times_complete1), len(times_failed1))

times_complete2 = np.array([i.time for i in result_list2 if i.tag == 'complete'])
times_failed2 = np.array([i.time for i in result_list2 if i.tag == 'failed'])
print "Design B: %d trajectories total, %d completed, %d failed." % (len(result_list2), len(times_complete2), len(times_failed2))

Design A: 100 trajectories total, 28 completed, 72 failed.
Design B: 100 trajectories total, 97 completed, 3 failed.


Now let's go ahead and see the histograms. OK, they don't look so interesting with just 10 trials. Go back and change that to 100 and try again, if you didn't already...

In :
%matplotlib inline
plot_histograms_complete_vs_failed(o1.interface.results) In :
plot_completion_graph_complete_vs_failed(o1.interface.results) In :
plot_histograms_two_designs([o1.interface.results, o2.interface.results]) In :
plot_completion_graph([o1.interface.results, o2.interface.results]) In [ ]: